Replaces accession AI855009
This hits with the LTR of Xilon (BB)
Matches xilon1 retrotransposon region inside
>gi|18092333|gb|AF448416.1| Zea mays B73 chromosome 9S bz genomic region
Length=106186
Identified a loinger sequence on MAGI and ran it through interproscan and repeatmasker, then performed blastn of repeat sequences at MAGI database:
Repeat masker results Repeats
>MEC_29766_p95-May05 P95clusters.fas 1264 bp (1233 bp masked -- 97.55% masked)
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MAGI repeat database blastn results:
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
ZRSiTERTOOT0311 xilon_af448416-1 xilon1 af448416 bases 999. .127... 1003 0.0
ZRSiTERTOOT0308 xilon_138B04-1part xilon_138B04-1 Z138B04 bases ... 977 0.0
ZRSiTERTOOT0312 xilon_af448416-2hdnm xilon_af448416-2hdnm af4484... 456 e-128
ZRSiTERTOOT0149 diguus_123C01-1 diguus_123C01-1 merge bases 2074... 194 1e-49
ZRSiTERTOOT0306 tekay_af448416-1 tekay_af448416-1 af448416 bases... 84 3e-16
ZRSiTERTOOT0294 prem1_276N13-4 prem1_276N13-4 276N13 bases 39168... 70 4e-12
ZRSiTERTOOT0290 prem1_195D10-1 prem1_Z195D10-1 prem1ji_Z195D10-1... 70 4e-12
ZRSiTERT0020050 gi|3420038|gb|AF050455.1|AF050455 Zea mays gypsy... 68 2e-11
ZRSiTERTOOT0087 gi|433042|gb|U03683.1|ZMU03683 Zea mays W-22 clo... 66 6e-11
ZRSiTERTOOT0300 prem1_af090447-2hdnm prem1_af090447-2hdnm af0904... 64 2e-10
ZRSiTERTOOT0298 prem1_573F08-1 prem1_Z573F08-1 Z573F08 bases 127... 64 2e-10
TOP HIT FROM REPEAT DATABASE:
>ZRSiTERTOOT0311 xilon_af448416-1 xilon1 af448416 bases 999. .12701
||retrotransposon
Length = 11703
Score = 1850 bits (933), Expect = 0.0
Identities = 1164/1235 (94%), Gaps = 11/1235 (0%)
Strand = Plus / Plus